ของเสียจากอุตสาหกรรมปศุสัตว์ต้องใช้เวลาในการประมวลผลและย่อยสลาย ขยะที่เกาะติดอยู่ตามพื้นเป็นเวลานานจะเป็นโอกาสให้เชื้อแบคทีเรียก่อโรคขยายตัวจนเกิดโรคระบาดได้ … ความเสี่ยงต่อการเกิดโรคในปศุสัตว์จะลดลงอย่างมาก หากโรงเรือนได้รับการทำความสะอาดและดับกลิ่นอย่างสม่ำเสมอ กลิ่นเหม็นส่งผลต่อการดูแลสัตว์เลี้ยงในชีวิตประจำวัน ขยะที่ไม่ได้รับการบำบัดอย่างทันท่วงทีและมีประสิทธิภาพจะส่งผลให้เกิดมลภาวะทางดิน น้ำ และอากาศ ส่งผลกระทบต่อพื้นที่อยู่อาศัย